基于质谱的高通量技术，衍生的多组学领域在生物和医学领域应用广泛。解析生命发挥功能的物质，捕捉生物表型动态，揭示小分子代谢物的调控奥秘。

一、蛋白质组

研究对象：生物体内所有蛋白质（表达水平、翻译后修饰、互作网络等）

仪器：LC-MS Exploris 480 orbitrap

1. 技术方法

质谱技术：

高通量高分辨率液相色谱-质谱联用（LC-MS/MS）：Label-free、TMT/iTRAQ标记用于蛋白质鉴定和定量。

技术支持：

靶向蛋白质组：orbitrap或者三重四级杆（MRM/PRM）精准定量特定蛋白。

修饰组学（磷酸化、糖基化定制服务）

蛋白质互作网络（Co-IP+质谱联用） 

2. 平台流程

样本前处理：蛋白质提取、酶解（Trypsin消化）、肽段纯化。

分离技术：SDS-PAGE、HPLC、纳升液相色谱（NanoLC）。

数据分析：

定量分析工具：PD,  spectronaut, spectrodive.

3. 应用领域

疾病研究：早期诊断，新标志物筛选，疾病图谱，疾病进程的监测

药物开发：靶点验证、药物毒性评估。

基础生物学：发病机制关键分子探索，细胞信号通路解析、蛋白质互作图谱构建。

蛋白质修饰研究：关注蛋白质的翻译后修饰，如磷酸化、乙酰化等，这些修饰变化可能影响蛋白质的功能和细胞的生理状态，与疾病的发生发展密切相关。

微生物致病机制：研究病原微生物与宿主相互作用过程中的蛋白质表达变化，揭示致病机制，为抗感染治疗提供靶点。 

二、代谢组平台

研究对象：生物体内小分子代谢物（<1500 Da），如氨基酸、脂质、有机酸等。

仪器：ABscix 6500

1. 技术方法

质谱技术：LC-MS，覆盖极性/非极性代谢物（如Triple quad、Orbitrap）

技术支持：

广谱代谢组（LC/GC-MS）

靶向代谢组：三重四极杆质谱（QTRAP）精准定量

药物浓度测定和方法开发

2. 平台流程

样本前处理：有机试剂代谢物提取。液液萃取（LLE），用于脂溶性代谢物（如脂质），使用氯仿-甲醇混合溶剂分层提取。固相萃取（SPE），针对特定代谢物（如极性/非极性分子），选择不同吸附剂（C18、HLB等）。样本干燥与复溶。

分离技术：液相色谱（LC-MS）。

数据分析：

非靶向代谢组学全流程分析（从原始数据到通路注释）：

Compound Discoverer（Thermo Fisher）Sciex OS（ABSciex）

与Orbitrap质谱无缝对接，支持代谢物结构预测。

Progenesis QI（Waters）

LC/MS和GC/MS数据对齐、归一化、注释。

4. 应用领域

疾病机制研究：代谢性疾病关键致病小分子物质，药靶发现

药物代谢动力学：追踪药物及其代谢产物的动态变化。

微生物代谢产物研究：全面分析微生物在不同培养条件下的代谢产物。为微生物发酵生产药物、食品添加剂等提供指导。

微生物与宿主相互作用研究：研究微生物与宿主之间的代谢相互作用，揭示共生、致病等关系的代谢机制

微生物群落结构与功能研究：通过代谢组学分析微生物群落的代谢特征，了解群落中不同微生物之间的代谢协作关系，为微生物群落的调控和应用提供依据。