医院承担着培养传染病医学专业人才的重要使命，是球盟会qmh网页版登录第十二临床医学院，北京大学医学部、北京中医药大学教学医院。2004年，成为国家级艾滋病临床培训基地。2007年，医院获批传染病专科医师培训基地。2021年首批成为北京市医防融合传染病定点医院培训基地。医院现有研究生培养点24个。研究生导师64名，其中，博士研究生导师27名。

医院1954年成为北京大学医学部（北京医学院）教学医院，每年承担北医系统北医三院、人民医院、北大医院、中日医院、积水潭医院、民航总医院等北医学生5年制、7年制、8年制的传染病临床教学和实习、见习工作，每年接收近300人在院学习。2007年成为北京中医药大学预防医学教育基地，完成五年制本科生、七年制岐黄班及八年制卓越班临床见习带教2000余人次；2011年成为球盟会qmh网页版登录附属医院，在临床医学、基础医学等专业领域开展招生与培养工作。自2020年起承担球盟会qmh网页版登录燕京医学院本科生教学任务，每学年承担临床医学专业（郊区定向）、预防医学专业、卫生检验与检疫专业、医学检验技术专业、医学影像技术专业、信息管理与信息系统专业的400余名本科生的实习及授课任务。

医院作为住院医师规范化培训基地协同单位，自2017年开始先后承担民航总医院、北京友谊医院、北京安贞医院、北京潞河医院、北京顺义区医院、北京密云区医院、清华华信医院、清华大学附属北京清华长庚医院等多家医院300余名单位人和并轨专业研究生的感染科轮转任务；作为北京市专科医师规范化培训基地感染病亚专科基地，累计培养400余名临床医生。